主線任務：取得Reaper飛船的IFF
前往Hawking Eta星雲Thorne星系。
Joker發現在那個Reaper旁邊還有另一艘飛船，也許就是之前到達的科學小隊
在飛船上的工作記錄中可以了解到，也許科學小隊被Reaper的Indoctrination影響了。
名詞解釋：
Indoctrination：Reaper的一種影響和控制有機生命體思想的能力。受害者一開始會表現出頭疼，幻聽等症狀。當Reaper慢慢侵入受害人大腦後，會給與受害者暗示，讓受害者按照Reaper的指導行動。這種Indoctrination一般需要較長的時間完成。
剛進入Reaper內部，發生了一次震動。EDI說Reaper啟動了生物力場，使得Shepard被困在里面了。
往前走又遇見Husk，途中兩個Husk剛爬上來就被一個狙擊手殺了，也許那個狙擊手是倖存下來的人。
往深處走，發現了狙擊手的身份。居然是個Geth
在這里拿到ReaperIFF
前進至最深處，發現Geth被Husk擊暈了。此時要消滅Reaper Core
下圖Core是閉合起來的，此時攻擊無用。同時，Husk會從兩邊攻擊，這個時候專心打Husk就行了。Husk攻擊停止後，Core也就會打開，此時再攻擊Core。
把Core消滅掉後，Shepard把Geth帶回了Normandy。
在Normandy上，Miranda要求把Geth交給Cerberus，研究。因為之前從沒有人能獲取一個完整的未激活的Geth。而Jacob則認為應該把Geth扔進太空。Shepard決定先去和Geth對話。Geth在AI Core。
前往AI Core與Geth對話，得知原來Geth並不全是為Reaper服務的，也不全是想要消滅有機生命的，那些Geth被不為Reaper服務的Geth稱為「異教徒」，而且異教徒占Geth社會的比重只有5%。EDI說Shepard救出來的Geth叫做Legion。
EDI說，把Reaper IFF裝在Normandy上會有風險，但是Shepard沒有選擇，只能安裝。EDI要測試IFF與Normandy的兼容性，讓Shepard乘坐穿梭機（Shuttle）前往下一個地點。
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來源：遊民星空
